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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 18:48:53, GGGenome : Garter snake genome, Thanmnophis_sirtalis-6.0/thaSir1 (Jun, 2015)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

NW_013657768v1:240554-240568
TCTACGGCAAAAGGCAAGAGTACCAAAATT240554TTCATTGACAACATTCAGCAAGTGTTTTGCTCTTGGAAGCCTAAA
NW_013657858v1:1044866-1044880
TGCTTTAAGCCCTTTTCTTATATGAGCCAC1044866TTCATTGACAACATTCCCTGCATTTCAGGAGCAATTTTTAAGTTA
NW_013658931v1:258711-258725
TCATTTCAAGACTCTTACTGTTTTCATTTC258711TTCATTGACAACATTTATGTGTGCAGTAATAATGCAAGGGAGGAG
NW_013659135v1:222210-222224
ATGTTCAGTGCCTCCTGGGTCATCTCTGTA222210TTCATTGACAACATTTCTGCTGGGACTGCTTTGAAAGTGAAGTAG
NW_013657803v1:1056606-1056620
AGTCCATGAACAAAAGGAAATGATTGTTCC1056606AATGTTGTCAATGAACATTCGGGATGATAAAAAATGGATGAAATT
NW_013657833v1:1197548-1197562
CTCTGAAATGGGACGATTAATGCTAAGAAA1197548AATGTTGTCAATGAAATACAGATAGCAGACATTATTATCCCATTC
NW_013660079v1:28558-28572
TATCTCTCTCTCTATCTATCATCTATTTGT28558AATGTTGTCAATGAAAATGGGGGGGGGAGTGGTCTCCACTCACAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/thaSir1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : thaSir1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28759/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28759/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.088 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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