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検索例
ひとこと
- 塩基配列を高速に検索するサイトです。
- 誰でも無償で自由に利用できます。
- 大文字・小文字は区別しません。
- U は T とまったく同じです。
- N, R, Y等のあいまいな塩基を含む配列も検索できます。
- それ以外の文字は除去して検索されます。
- 検索結果の1ページあたりの表示件数は50件です。
- TXT, CSV, BED, GFF, JSON形式ではそれぞれ100000件まで取得できます。
- 遺伝子や転写産物のキーワード検索は
《ぐぐるな》をお使いください。
動画による解説
検索結果へのリンク
- http[s]://GGGenome.dbcls.jp/db/k/[strand]/[nogap]/sequence[.format][.download]
- db →
hg38, mm10, dm3, ce10, TAIR10, pombe, refseq, etc. 省略時は hg38
検索可能なデータベースは 下記の一覧 を参照。
- k →
許容するミスマッチ/ギャップの数。あまり大きいとしぼうする。省略時は 0
- strand →
'+' ('plus') または '-' ('minus') で特定の方向のみ検索。省略時は両方向を検索
- nogap →
ギャップを許容せず k 塩基以内のミスマッチのみ許容して検索する
- sequence →
塩基配列。大文字・小文字は区別しない
- format →
html, txt, csv, bed, gff, json。省略時は html
- download →
URLの最後に付加すると検索結果をファイルとしてダウンロードできる
- 例1:https://GGGenome.dbcls.jp/TTCATTGACAACATT
- ヒトゲノム hg38 (省略可) で
- ミスマッチ/ギャップを許容せず (省略可)
- TTCATTGACAACATT を検索し
- html 形式 (省略可) で結果を返す
- 例2:https://GGGenome.dbcls.jp/mm10/2/+/nogap/TTCATTGACAACATTGCGT.txt
- マウスゲノム mm10 で
- 2 ミスマッチまで許容して
- + 方向に限定して
- ギャップを許容しない nogap モードで
- TTCATTGACAACATTGCGT を検索し
- txt 形式 (タブ区切りテキスト) で結果を返す
検索可能なデータベース一覧(ゲノム)
検索可能なデータベース一覧(ゲノム以外)
GGGenomeパッケージ版 (Docker版) について
DBCLSの提供するGGGenomeウェブ版 (本サイト) は、商用・非商用を問わず無償で自由にご利用いただけますが、企業等の利用者から、ウェブツールという形態では秘匿配列の検索には利用しにくいというご意見をいただいておりました。そこで、GGGenomeウェブ版と同等の検索を手元のコンピュータ上で実行可能な「GGGenomeパッケージ版」が、2020年3月に株式会社レトリバより提供開始されました。GGGenomeパッケージ版は、Mac/Windows/Linux上でDockerを使用することによってウェブ版と同様に動作します。また、許容するミスマッチ/ギャップの塩基数や、最大ヒット件数などの制限がウェブ版よりも緩和されています。
詳細は以下の資料をご覧ください。
なお、株式会社レトリバによるGGGenomeパッケージ版の発売後も、DBCLSの提供するGGGenomeウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。
文献
過去の新着情報
Last modified on Oct 1, 2024 by
@meso_cacase at
DBCLS
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